Die Netzwerkgebühr wird vom Partnerprogramm-Netzwerk erhoben und vom Partnerprogrammbetreiber/Merchant bezahlt. Der Partner/Affiliate hat dadurch keinen Nachteil und das Netzwerk erhält diese Gebühr für das Handling, die Abrechnung, die Personalkosten etc. In der Regel beträgt die Netzwerkgebühr 30% und ist bei allen Netzwerken gleich.